La representación territorial del Colegio Nacional de Economistas opera en los ámbitos nacional, estatal y regional, a su nivel. Los órganos de dirección son:

La Asamblea Nacional Representativa, El Consejo Nacional Directivo y los Consejos Directivos Estatales.

La Asamblea Nacional Representativa, estará constituida por: El Presidente del Colegio Nacional de Economistas; los Presidentes de los Colegios Estatales que formen parte del Consejo Nacional Directivo y por los Delegados efectivos nombrados en las Asambleas de sus respectivos Colegios Estatales, así como por los Delegados que nombren los miembros individuales del Colegio Nacional de Economistas mediante Asamblea.

El Consejo Nacional Directivo conformado por un Presidente, los 3 Vicepresidentes, los Presidentes de los Colegios Estatales, 17 Secretarías con sus respectivas Subsecretarías, 1 Tesorero, un Subtesorero y un Gerente General, por las Comisiones de Trabajo, las que se integran a propuesta del Presidente y del Consejo Nacional Directivo, y por las 6 Comisiones Permanentes, todos ellos ejercen su cargo por 2 años.

Los Consejos Directivos Estatales, corresponden a cada uno de los Colegios Estatales legalmente constituidos, cuentan con sus propios estatutos y se encuentran integrados al Colegio Nacional, cuentan con una estructura similar en cuantos sus órganos de Gobierno al del Colegio Nacional y tienen autonomía de acción y decisión.

A lo largo de su historia el Colegio Nacional de Economista ha contado con 26 presidentes del Consejo Nacional Directivo y el actual en funciones, cuyo periodo corresponde al ciclo 2006 – 2008: